Zookeeper 2 sigue a Griffin Keyes (Kevin James) en su regreso al Zoológico Franklin Park tras años dirigiendo un santuario de vida silvestre. La historia comienza con Griffin, atraído de vuelta por sus amigos animales, liderados por Bernie el Gorila, quienes revelan que el zoológico está en peligro de cierre debido a dificultades financieras. Para salvar su hogar, Griffin debe organizar una gran recaudación de fondos mientras lidia con un cuidador rival, Sebastian (interpretado por Adam Sandler), quien tiene la mira puesta en convertir el zoológico en un parque temático.

Mientras Griffin hace malabarismos con la planificación de la recaudación de fondos, su vínculo con los animales se pone a prueba cuando Sebastian descubre accidentalmente su capacidad secreta para hablar. Aprovecha esto para ganar fama y avanzar en sus planes, sembrando el caos para Griffin y el zoológico. Con la ayuda de Kate (Rosario Dawson) y los animales, Griffin organiza una conmovedora y divertida recaudación de fondos final, en la que los animales demuestran su talento. En el clímax, Bernie se enfrenta a Sebastian para proteger a Griffin, demostrando el vínculo inquebrantable entre humanos y animales. La recaudación de fondos es un éxito, salvando el zoológico y devolviendo a Griffin la fe en su vocación. La película termina con un adelanto de más aventuras por venir, dejando a los fans encantados.